Проверьте последние исправления ошибок здесь.

Original article: https://nbo7.chem.wisc.edu/faq_css.htm

Проверьте последние исправления ошибок здесь

(Cм. также обсуждения на ФОРУМЕ NBO)

Q1.	Работает ли NBO 6.0 со старыми версиями Gaussian или GAMESS? Используют ли NBO 5.9 или другие более старые версии NBO с современными версиями Gaussian или GAMESS?

	NBO 6.0 работает в интерактивном режиме только с новыми NBO6-совместимыми хост-программами ESS (такими как G09 D.01 или новее). [Тем не менее, специальная процедура позволяет связывать исходную версию NBO 6.0 с более ранними версиями версии Gaussian 09 ранее (до версии D).] Старые версии NBO (с их процедурами компиляции и связывания со службой) не могут работать с каким-либо недавним гауссовым (Rev D или более поздней версии) или версии GAMESS. [Тем не менее, NBO 6.0 также может работать не в интерактивном режиме в автономном режиме GenNBO, способном анализировать выходные данные из многих старых программ ESS для хоста, которые создают достоверные файлы архива NBO (.47).]

Q2.	По какой-то причине ключевое слово NBCP (или NRT, STERIC, CMO, ...) не принято, хотя у меня есть последняя версия Гаусса. Что не так?
	Гауссовские программные пакеты распространяются с NBO 3.1, устаревшей (1980-е годы) программой, которая не имеет всех таких опций и больше не поддерживается командой разработчиков NBO. Вы должны перейти на текущую программу NBO 6.0, чтобы получить доступ ко всему спектру современных вариантов анализа на основе NBO (но см. Q3).

Q3.	Как я могу использовать NBO 6.0 с G09W или другими двоичными программами для ПК-Windows?
	Новые совместимые с NBO6 исполняемые файлы G09W будут работать сразу же с бинарниками NBO 6.0 в полнофункциональном интерактивном режиме. Однако более ранние версии G09W могут работать (не интерактивно) с NBO 6.0 в автономном режиме GenNBO, используя более старые файлы ARCHIVE (.47) на уровне NBO3 от G09W, которые по-прежнему доступны для чтения текущими программами NBO. (Проблемы с переходными процессами с .47 файлами из G09 Rev. C.01 были разрешены.) Конкретные шаги заключаются в следующем: (1) Создайте файл архива NBO (xxx.47) из вашего запуска G09W. Для этого укажите ключевое слово «archive» и выбранное имя файла «file = myjob» в списке $ NBO вашего входного файла Gaussian (с обычным POP = NBOREAD на карте маршрута), затем найдите «myjob.47», Файл, созданный этим прогоном. (2) Измените файл myjob.47, добавив нужные параметры ключевого слова в список $ NBO ... $ END во второй строке этого файла. Затем дайте команду «gennbo myjob» и найдите выходной файл «myjob.nbo».

Q4.	С гауссовым я попытался оценить заряды NPA на коррелированном уровне MP2, но результаты, похоже, были идентичны не коррелированным результатам HF. Что не так?
	Вы должны включить «DENSITY = CURRENT» (или «DENSITY = MP2») в карту маршрутов Гаусса для анализа поправок более высокого уровня к плотности HF.

Q5.	Моя гауссовская работа не производила вывод NBO, но вместо этого давала сообщение: «NBO не может обрабатывать линейно зависимые базовые множества». Что это значит и что я могу сделать?
	Гауссова программа проверяет числовые неустойчивости из-за почти линейной зависимости базисных функций (главным образом за счет включения диффузных функций) и при необходимости уменьшает размерность базиса. Когда это происходит, некоторые версии гауссова печатают вышеуказанное сообщение об ошибке и обходят вход в NBO. Решение состоит в том, чтобы включить IOP (3/32 = 2) для обхода теста гауссовой линейной зависимости, опираясь на более надежные средства линейной зависимости в самой программе NBO. Однако, если линейная зависимость действительно серьезная, единственной альтернативой может быть удаление «+» или других базовых функций до тех пор, пока гауссовская линейная зависимость не будет инициирована.

Q6.	Когда я выполняю делегирование DEL с помощью гауссова, программа говорит, что SCF «не сходится». Означает ли это ошибку?
	Нет. В процедуре $ DEL используется конвергентный оператор Fock (или Kohn-Sham) для однопроходной оценки энергии удаленной плотности, которая отличается от «сходящейся» (полной) плотности. Следовательно, это сообщение можно безопасно игнорировать.

Q7.	Я сравнил NPA с работой на Jaguar и Gaussian и обнаружил, что многие популяции NAO отличаются в двух программах. Кто прав?
	Оба. Если используются внутренние координаты ввода, разные программные системы часто используют другой выбор декартовой системы координат. В этих условиях значение, например, «x» в двух расчетах различно (относительно молекулярной ориентации), а популяции «p (x)» NAO будут соответственно различаться. Тем не менее, обе программы должны давать все те же популяции NAO, если координатные оси выбираются последовательно.

Q8.	Мой расчет MP2 под гауссовским привел к многочисленным предупреждающим сообщениям о «нефизических» занятиях и в конечном итоге прекратился. Что не так?
	MP2 и связанные с ними пертурбативные методы приводят к приближенной плотности, которая физически не согласуется с N-частичной волновой функцией (т. Е. Не N-представимой) порядком по порядку. Эти пертурбативные несоответствия незначительны, когда пертурбативные серии хорошо себя ведут, но иногда они становятся серьезными (заставляя отказаться от анализа NBO) для спин-загрязненных систем с открытой оболочкой и других случаев плохо совпадающих случаев. В таких случаях сообщения об ошибках NBO предупреждают, что плотность MP2 ненадежна. Ключевое слово FIXDM может подавлять некоторые из этих сообщений об ошибках, но не может «исправить» для физически не сходящегося расширения возмущений.

Q9.	Моя задача NRT переходит в бесконечную зависть, которая требует убийства работы. Как я могу узнать, что работа висит, и что я могу сделать, чтобы предотвратить ее?
	Вероятность зависания, вероятно, возникает из-за того, что была обнаружена очевидная гиперчувствительность, и программа попыталась перезапустить NRT с помощью опции NRTFDM с использованием полной матрицы плотности (а не только валентности), но без достаточной памяти для размещения необходимых эталонных структур. (Посмотрите на сообщение «очевидной гиперссылки» в нижней части файла .LOG, чтобы узнать, вероятен ли этот тип зависания.) Решение состоит в том, чтобы предоставить дополнительную память для возможных гипервариантных случаев и / или включить ключевое слово NRTFDM, чтобы С самого начала используется матрица полной плотности. В этом случае неадекватная память приведет к раннему прерыванию, а не к бесконечной зависанию.

В10.	Я попытался перейти на лечение MP2 более высокого уровня или CASSCF, но внезапно не было ни орбитальных энергий NBO, ни таблицы пертурбативных энергий 2-го порядка? Что не так?
	NBO оценивает «орбитальные энергии» и энергии стабилизации 2-го порядка только тогда, когда имеется четко определенный эффективный гамильтонов оператор с 1 электрон (например, оператор Фока или Кона-Шама). Такой оператор недоступен для коррелированных описаний, кроме данных типа DFT.

Q11.	Я часто вижу предупреждающее сообщение о «инверсии населенности» после анализа NPA. Я должен беспокоиться?
	Возможно нет. «Инверсия» (упорядочение заполняемости, несовместимая с энергетическим упорядочением), вероятно, имеет место для орбиталей ридберговского типа с очень низкой заполняемостью или почти вырождением по занятости или энергии, так что никаких значительных физических эффектов не указывается. В противоположном случае «инверсии», включающей высокую заполняемость, невырожденные орбитали указывают на возбужденное состояние.

Q12.	Как я могу получить орбитальные диаграммы НКО или других естественных локализованных орбиталей?
	Если ESS интегрировал NBO и файл для чтения и записи, параметры контрольной точки (или SPARTAN) могут позволить вам использовать стандартные методы MO-plotting для построения локализованных орбиталей, записанных (поверх MO) в этот файл. Утилита NBOView (см. Информацию о заказе ) обеспечивает более общий способ получения профилей 1-й амплитуды, 2-мерных контурных графиков или рендеринга трехмерных фотографических изображений для любых желаемых локализованных орбиталей с использованием входных файлов, созданных PLOT. Изображения орбитальной формы NBOView проиллюстрированы на домашнем логотипе и в других местах на этом веб-сайте.

Q13.	Я не могу скомпилировать gennbo.f с компилятором g77 в моей Linux-системе. Что не так?
	Используйте директиву компилятора g77 -Wno-globals -fno-globals gennbo.f -o gennbo Для обхода проверок для строгой согласованности между списками аргументов подпрограмм и подпрограмм.

Q14.	Мой файл nbo_59.src содержит множество управляющих символов «^ @», которые не были на оригинальном компакт-диске. Что случилось?
	Текстовый файл .src может быть перенесен между различными операционными системами, используя утилиту ftp для Windows-типа с типом «T / B» (а не текст «T») в качестве настройки файла по умолчанию.

Q15.	Я работаю с лантанидами и / или актинидами. Разделяет ли схема разбиения NPA 5d (для лантаноидов) и 6d (для актинидов) подоболочку в качестве «валентной» подоболочки, и это повлияет на мои заряды NPA?
	Все последние версии NBO (включая NBO 6.0) распознают эти подоболочки как валентные орбитали, согласующиеся с наблюдаемым частичным заполнением этих подоболочек в некоторых атомах основного состояния «f-блоков» лантаноидов и актинидов [J. Вычи. Химреагент 28 : 198-203, 2007 ]. (Разделение NPA для лантаноидов / актинидов теперь согласуется с давно установленной обработкой основных и переходных блоков и известных атомных конфигураций основного состояния. Старые версии NBO соответствуют правилу Маделунга, что заставляет анализировать некоторые лантаниды и актиниды в терминах Атомные конфигурации с возбужденным состоянием.) Это изменение может повлиять на заряды NPA [J. Химреагент Phys. 121 , 2563-2570, 2004 ]. Для изменения кода, чтобы сделать более старые версии NBO совместимыми с текущим NBO 6.0 в этом отношении, см. Обновление .

Q16.	Инструкции по установке NBOView для MacOSX не работали на моем Macintosh. Что не так?
	Библиотеки, используемые NBOView, не всегда доступны на новых моделях Macintosh. Вы можете использовать Xcode 3.1.2 (скачанный с веб-сайта Apple Developers) и gnu-компилятор gcc4.4 для Mac macs (скачанный с http://hpc.sourceforge.net/) для компиляции и связывания программы NBOView со следующими командами (С использованием приложения терминала): (1) Скомпилируйте программу draw.c с помощью компилятора gnu, используя следующую команду gcc: gcc -c -D_XWINDOWS -D_MACOSX draw.c (2) Теперь скомпилируйте код nboview.f fortran и свяжите его с объектным файлом draw.o и библиотекой X-windows с компилятором gnu, используя следующую команду gfortran: gfortran nboview.f draw.o -L/usr/X11R6/lib -lX11 -o nboview (3) Наконец, удалите объектный файл draw.o: Rm draw.o Теперь у вас должна быть исполняемая программа nboview, которую можно вызвать, набрав ./nboview из приложения Terminal.

Q17.	Мой расчет NMR NICS с ключевым словом NCS хронически не удался в последних версиях G09 / NBO5. Что нового в этой проблеме?
	Все известные проблемы с NCS с опцией «MO» были решены. Однако вычисления типа NICS с атомами Bq могут по-прежнему сталкиваться с ошибкой («Подпрограмма NAOANL не могла найти s-тип валентной орбиты на атоме gh ...») в зависимости от компилятора и процессора, используемых для сборки хост-программы G09. Для G09 (или G03), построенного на компиляторе Intel Fortran на процессорах Itanium, расчеты NICS выполняются без ошибок. Однако компиляция с PGF для процессоров Nehalem (как рекомендовано в инструкциях G09) приводит к ошибкам в приложениях NICS. (Проверьте текущую информацию, если будут предприняты дальнейшие попытки решить эту проблему. Благодаря доктору Мири Карни для распознавания специфических особенностей компилятора последних G03 / G09-дистрибутивов).
Q18.	Моя попытка скомпилировать GENNBO для Mac OSX platorm не удалась с g77. С gfortran компиляция, видимо, преуспела (нет сообщения об ошибке), но результирующая программа gennbo.exe резко прекратилась. Что не так?
	По неясным причинам 64-разрядные системы Mac OSX должны быть выбраны с использованием опции «32-разрядное целое» для использования с доступными компиляторами с открытым исходным кодом. Полученный код gennbo.f затем может быть скомпилирован с помощью gfortran (а не g77, который, по-видимому, находится в конце цикла разработки), используя, например, gfortran gennbo.f -o gennbo_32 (Игнорируйте множество предупреждений о преобразовании HOLLERITH в INTEGER.) Это создает файл gennbo_32.exe, который должен успешно запускаться как 32-разрядное приложение.
Q19.	Мои задания DFT-удаления (POP = DEL) с G09 больше не согласуются с соответствующими заданиями G03. Что не так?
	Опция интеграции была изменена в G09, которая затрагивает все оценки DEL DEL с методами DFT. Все пользователи G09 должны повторно запускать такие задания с помощью рабочего процесса IOp, показанного ниже: #B3LYP/6-31+G* Pop=NBODel SCF=NoVarAcc IOp(5/48=100000) Ошибка влияет на текущую (12/15/2011) ревизию C и прежние версии A, B G09, но должна быть исправлена в предстоящих версиях.
Q20.	Моя попытка скомпилировать gennbo.f на Ubuntu 11.10 (32 бит x86) с gfortran дала исполняемый файл, который не работал с ORCA. Затем я установил и попробовал компилятор g77 (как в Q13), но с ошибкой «не удалось найти» сообщения об ошибках для crtl.o, crti.o («Нет такого файла или каталога») и -lgcc_s. Что не так?
	Компилятор g77 не находит необходимые общие библиотеки. Для этого необходимо выполнить два шага: Шаг 1 (в терминале): LIBRARY_PATH=/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu:$LIBRARY_PATH export LIBRARY_PATH Шаг 2 (в терминале, в каталоге i486-linux-gnu): Сломанную символическую ссылку на отсутствующую библиотеку libgcc_s.so (/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/libgcc_s.so) можно восстановить с помощью команды: Sudo ln -s /lib/i386-linux-gnu/libgcc_s.so.1 libgcc_s.so Затем команда компиляции g77 Q13 должна работать правильно.
Q21.	Когда я визуализирую орбитали (или просматриваю интеграл перекрытия PNBO) для ожидаемого взаимодействия стабилизации донора-акцептора E (2), вместо этого я нахожу, что перекрытие донор-акцептор отрицательно (несинфазное, «антисвязывающее»). Что не так?
	Ничего. Донор-акцепторные значения E (2) (или даже любые квантовомеханические наблюдаемые) могут зависеть только от абсолютного квадрата волновой функции, а не от фазы (знака) отдельных орбиталей. Действительно, знак какого-либо конкретного интеграла перекрытия донор-акцептор будет зависеть от произвольного выбора системы координат, которая не имеет физического значения. В лежащей в основе теории возмущений, приводящей к значениям E (2), пертурбативные коэффициенты смешения для донорных или акцепторных орбиталей «неправильной» фазы автоматически будут восприниматься с противоположным знаком для поддержания собственно синфазной «связи». [Вы можете проверить это, посмотрев подробности результирующего NLMO, в котором обнаружены донорные и акцепторные NBO с противоположными знаками всякий раз, когда прямой матричный элемент Fock (или соответствующий интеграл перекрытия PNBO) числителя E (2) Быть «неправильным» знаком.] Если вы просматриваете орбитали с помощью NBOView, не стесняйтесь использовать команду SIGN с чистой совестью, чтобы отменить какой-либо особый знак орбиты и восстановить ожидаемую синфазную суперпозицию донорных и акцепторных орбиталей.
Q22.	Я хотел бы обновить свою бинарную лицензию NBO6 до исходной лицензии NBO6? Это возможно?
	Да. Обратитесь к менеджеру NBO Business Manager (tcinbo@chem.wisc.edu) с кодом загрузки из вашей предыдущей бинарной лицензии, чтобы организовать покупку исходной лицензии, на которую будет взиматься разница между исходным и двоичным NBO6.
Q23.	Есть ли способ использовать NBO 5.9 в совместимом с NBO6 G09 Rev. D.01?
	Однострочная модификация исходного кода NBO 5.9 должна быть сделана так, чтобы он правильно привязывался к G09 D.01. Найдите файл l607.F для NBO 5.9 для первого (и единственного) появления инструкции (около строки 43 856): IF(IOP(40).GE.2) THEN Вставить строку IOP(40) = IOP(40) - 1 Непосредственно перед этим утверждением. Продолжайте строить G09. Результирующий исполняемый файл l607.exe должен быть полностью функционирующим NBO 5.9. Это изменение к источнику NBO 5.9 не должно быть сделано для версий D0 до D.01.
Q24.	Почему анализ NBO сообщает о том, что кажется дополнительным орбитали при использовании GAMESS со сферическими базисными функциями?
	Если запрошены сферические функции (ISPHER = 1 в $ CONTRL), GAMESS исключает декартовы компоненты (например, s-компонент декартовой d-типа оболочки) из рассмотрения в SCF-оценке волновой функции. Однако вся информация, переданная GAMESS NBO об этой волновой функции (перекрытия AO, матрица Fock, матрица плотности и т. Д.), По-прежнему выражается в полном декартовом множестве, а не в усеченном сферическом множестве. NPA сообщит, например, что атом C имеет четыре функции s-типа при использовании сферического 6-31G *, хотя только три из этих функций были фактически рассмотрены в процедуре SCF. В принципе, дополнительные декартовы компоненты базисного множества должны выявлять точные нулевые занятости. На практике, однако, сообщается о небольших занятиях (часто порядка 0,00001-0,00010е). Эти занятия возникают из-за того, что векторы декартово пространства AO, которые GAMESS устраняют, не являются точными дополнительными декартовыми компонентами базисного множества. Эти векторы имеют значительный декартовский компонентный характер, но могут также включать довольно сильное смешивание с другими базисными функциями.
Q25.	Несмотря на то, что было сказано в третьем квартале, архивные файлы .47, созданные моей последней программой G09W, не могут использоваться какой-либо текущей программой GenNBO. Что не так?
	Изменения в программировании были внесены в G09, которые нарушают стандартное форматирование .47 и делают файлы NBO с NBO 3.1 непригодными для использования в дистрибутивах Linux и Windows. Проблема сохраняется в Отк. D.01, но, как ожидается, будет исправлена в будущей редакции. Dr. Wojciech Kolodziejczyk предоставил полезное приложение python для исправления этой проблемы.
Q26.	Можно ли изменить NBO 6.0 для работы с более крупными системами или базовыми наборами?
	Да и нет. Если у вас есть источник NBO 6.0 (см. Q22), вы можете увеличить максимальное количество атомов (MAXATM) с 500 по умолчанию до 999 или максимальное количество базовых функций (MAXBAS) по умолчанию от 5000 до 9999 (осторожно! ), Редактируя соответствующие объявления PARAMETER во всем коде fortran. Если у вас есть бинарный NBO 6.0, такие изменения исходного кода не возможны.
Q27.	Насколько точна NBO? Известны ли проблемы, которые не позволяют точно моделировать молекулу?
	NBO будет искать энергично для «лучшего» единственного описания структуры входного сигнала (NLS) Lewis (NLS), но нет уверенности в том, что такое описание NLS всегда достигает высокой точности. Процентное занятие, отличное от Льюиса (%ρ NL , напечатанное чуть выше листинга NBO), является соответствующей числовой метрикой NLS «ошибка» для каждого вида. Увеличенные ошибки% NL, как правило, связаны с повышенным резонансным типом сильно делокализованного ароматического, переходного состояния или металлических видов (см., Например, Inorg. Химреагент 52 , 5166 (2013)], что требует более точного описания анализа уровня NRT.
Q28.	Возможно ли моделировать два соединения, которые не связаны, чтобы наблюдать, как они могли бы взаимодействовать наиболее выгодно (через донорно-акцепторные взаимодействия)?
	Да. «Анализ теории возмущений 2-го порядка», который обычно появляется на выходе NBO для волновых функций HF / DFT, дает прямые «E (2)» численные оценки донорно-акцепторных взаимодействий как внутри (внутримолекулярные), так и между (молекулярными) молекулярными единицами ». Для уровней более высоких коррелированных теорий, где эффективный гамильтониан HF / DFT-типа 1e недоступен, данные о таких взаимодействиях также можно увидеть в дробных порядках связей NRT между атомами в разных молекулах. Глава 5 об обнаружении химии с орбиталями естественных связей (Wiley, 2012) описывает множество дополнительных опций ($ DEL, $ CHOOSE, хвосты Delocalization NLMO, графическое отображение перекрытий PNBO ...) для изучения таких взаимодействий и их зависимости от межмолекулярной геометрии.
Q29.	Расчетные заряды NBO далеки от ожидаемого количества окисления, которое мы обычно вычисляем для переходного металла. Какой правильный? И как мы можем думать о количестве окисления, если NBO правильно?
	Окислительный номер является формальным «бухгалтерским» присвоением электронного заряда, которое может быть физически реалистичным только в экстремальных ионных границах (по мере приближения, например, к некоторым комплексам Zn 2+ ). Многочисленные линии вычислительных и экспериментальных рентгеновских, ИК, ЯМР ... свидетельствуют о том, что NPA и другие аналогично-нюансированные (нецелые) электронные дескрипторы обеспечивают более точную картину распределения заряда у подавляющего большинства видов переходных металлов, Со значительной ковалентностью связываний. Тем не менее, количество окисления сохраняет полезность в качестве конвенции по маркировке химической номенклатуры.
Q30.	Я запросил выходные данные PLOT и ARCHIVE (с помощью списка «$ NBO PLOT ARCHIVE $ END»), но не было создано файлов сюжета .31-.46 или файла .47. Что не так?
	Вы должны включить правильный идентификатор FILE (например, «$ NBO FILE = myjob PLOT ARCHIVE $ END), чтобы гарантировать, что запрошенные файлы создаются с именами (например,« myjob.31 », ...,« myjob.47 ») Которые могут быть распознаны после завершения задания. Без такого идентификатора FILE файлы могут быть сгенерированы с непредсказуемыми (зависящими от системы) файлами или оставленными в хранилище с нуля, которые будут перезаписаны, недоступны или будут трудно восстановлены.
Q31.	Программа NBOPro6, установленная на нашей PC-Windows (корейской) ОС, отображает текстовые символы, которые имеют неправильный размер относительно окружающего кадра и графического дисплея. Что не так?
	Эта проблема, по-видимому, системна для ПК с установленной операционной системой Windows-CJK (китайская / японская / корейская) и наборами символов. Единственным известным решением является переустановка ОС Windows-EN (на английском языке) на таких ПК. Более подробную информацию о символах CJK можно найти по ссылкам ниже: Символы CJK Полуширина и форматы полной ширины Спасибо Daeho Hong за эту информацию.